新疆农业大学和伊犁师范大学两所学校都是新疆自治区内知名高校，这主要是因为两所学校的实力都比较强，相对新疆自治区内的“双非”高校而言，两所学校的影响力都比较高。两所学校虽然主力教研领域并不相同，但是两所学校的都是省部共建高校。

新疆农业大学，是一所综合性农业高校，它不仅仅开展农作物相关的传统农业教研，而且还开展林学等领域的教研，所以他属于农林全领域高校。这类农林高校，不仅仅是育种栽培，事实上，需要很多其他学科配套，如工科，农林发展离不开水，自然就需要水利工程配套；再如经济，毕竟农林经济管理是一个学科，也是授予博士、硕士学位的学科。因此，农业全领域高校，一般都是综合性大学。

新疆农业大学，“头牌”是草学，这是西北地区农林高校普遍擅长的领域，国内权威高校基本都集中在西北地区。这所学校的水利工程、畜牧学、兽医学、农林经济等实力也比较强，这主要是因为这所学校建校相对较早，而这些专业基本都是老班底发展而来，所以整体优势比较明显。虽然新疆农业大学只是一所“双非”高校，但是也获得过国家科技三大奖，毕竟他是新疆农林院校的支柱。

伊犁师范大学，是以培养师范人才为主的高校，本地特色浓厚，拥有多民族语言教研工作，拥有完整的教师培养系统，在中文、数学、物理、教育学、化学、生物、法学方面实力比较强，毕竟这些都是基础教育常用领域。整体来看，新疆农业大学的实力胜过伊犁师范大学一些，毕竟新疆农业大学建校之初，规模就更大，而且配套新疆支柱产业，所以相对获得优势资源的能力更强一些。